Nu kan Norrbotten sekvensera sina covidprover själv
Sedan tidigare har knappt hälften av landets regioner haft möjlighet att fullt ut sekvensera covidviruset (SARS-CoV-2) på egna labb. Nu kommer resterande tretton regioner att också kunna göra det. Däribland Region Norrbotten. ”Vi står helt klart bättre rustade för nästa pandemi med den nya utrustningen”, säger biomedicinarna Johanna Keskitalo och Fiona Murray.
Bakom initiativet står Europeiska smittskyddsmyndigheten, som också finansierar det projekt som går under namnet INFRAGEN och avslutas nu i september.
I Sverige är det Folkhälsomyndigheten som samordnat arbetet.
– De vill utöka kapaciteten att spåra nya covidvarianter i alla regioner och vi tackade självklart ja när vi fick frågan att vara med. Målet är att tio procent av alla positiva prover ska sekvenseras, säger biomedicinaren Fiona Murray på Sunderby sjukhus mikrobiologilabb.
Okända virus
Hon har tillsammans med Johanna Keskiatalo, också biomedicinare, varit projektledare för INFRAGEN i Norrbotten.
De konstaterar att med ökad helgenomsekvensering kan man få en bättre överblick över hur covidviruset sprids och förändras.
– Projektet är inriktat på covid, men med andra typer av reagenser kan det också komma att handla om andra kända och okända virus och bakterier, säger Johanna Keskitalo.
– Vi står helt klart bättre rustade för nästa pandemi med den här utrustningen, tillägger hon och får medhåll av Fiona Murray.
Fiona Murray är egentligen forskningssamordnare på Region Norrbotten, men har varit utlånad till INFRAGEN-projektet, som avslutas nu i september. Här visar hon hur sekvenseringsmaskinen Minion fylls på med reagens.
Pillrigt
Fram tills nu har proverna skickats till National Pandemic Centre på Karolinska Institutet i Stockholm, vilket har tagit tid och proverna har dessutom varit tvungna att skickas i lådor med kylklampar.
I Norrbotten har som mest några hundra prover i veckan skickats för sekvensering, medan det på senare tid rört sig om cirka 50-75 prover.
– Nu kan vi ta hand om dem själva och det känns himla kul att efter att ha testat nu kunna köra igång i skarpt läge, men än så länge är det bara vi två som kan göra det så vi ska utbilda fler. Det är inte helt enkelt, utan ganska pillrigt, säger Johanna Keskitalo.
Sekvenseringsmaskin
Den metod som används, Next Generation Sequencing (NGS), även kallad andra generationens sekvensering, innebär att man mycket snabbt kan upptäcka nya mutationer genom att sekvensera virusets genom, det vill säga arvsmassa, från exempelvis ett PCR-prov.
För att kunna göra det lokalt i de regioner som varit med i projektet har Folkhälsomyndigheten bistått de involverade regionerna med ny kostsam utrustning, däribland sekvenseringsmaskinen Minion.
– En stor fördel är att den är extremt liten och via USB kopplas till en vanlig dator. Vi kan som mest köra 96 prover per gång, vilket är mer än vi i nuläget behöver. Planen är att göra det en gång per vecka, säger Fiona Murray.
”Det känns himla kul att efter att ha testat nu kunna köra igång i skarpt läge”, säger Johanna Keskitalo och visar upp sekvenseringsinstrumentet Minion.
Tar ingen plats
Hon fortsätter:
– Maskinen tar ingen plats i sig, men först måste man processa proverna i tre dagar i tre olika labbrum som vi har upprättat här på Laboratoriemedicin.
När sekvenseringen är gjord ska datan analyseras.
– Det gör vi inte själva utan vi skickar datafiler till Folkhälsomyndigheten som tar ett dygn att få tillbaka.
Sammanlagt tar det därmed upp till en vecka innan hela processen gåtts igenom och analysen är klar.
Omikron 5 dominerar
Johanna Keskitalo konstaterar att det är omikronvarianten BA.5 som dominerar i Norrbotten, liksom i övriga landet.
– Just nu är det cirka 17-18 procent av de covidprover som tas som är positiva, men då tas det betydligt färre prover idag. Som mest var det runt 9 000 prover i veckan, men nu är det kanske en tiondel av det eftersom det bara tas PCR-prover på vårdpersonal och inlagda patienter samt vid utbrott, säger hon.
Johanna Keskitalo och Fiona Murray berättar att sekvenseringsinstrumentet Minions analysalgoritmer baseras på neurala nätverk och maskininlärning, en typ av artificiell intelligens. Sekvenseringsprocessen startar med ett annat nyinköpt instrument, som används för extraktion av DNA och RNA i ett provhanteringslabb. Därefter förbereds materialet i ett renrum. Slutligen tillverkas i ett tredje labbrum stora mängder kopior av materialet med hjälp av PCR-instrument, också de nyinköpta. Därpå följer sekvenseringen, som tar cirka tolv timmar.
Film som beskriver sekvenseringsinstrumentet Minion från Oxford Nanopore Technologies.
